Los átomos asumen una conformación específica, la que da al agua algunas propiedades especiales, esenciales para la vida:
1. Las moléculas de agua se atraen mediante una propiedad llamada "cohesión", por lo cual es un fluido.
2. Por su estructura física, el agua es capaz de disolver una gran cantidad de elementos, tales como CI=Cloro, Na+=Sodio, Mg+=Magnesio. También disuelve compuestos, incluyendo azúcares, alcoholes y sales. Además, gases como oxígeno (O2), cloro (CI2) y dióxido de carbono (CO2). Los aceites son una excepción importante. Cabe señalar que si el agua no pudiera mantener disueltos los gases O2 y CO2 no sucedería ni la respiración ni la fotosíntesis de la flora y fauna que vive en el mar y en cuerpos de agua dulce.
3. En su forma sólida, el agua como hielo es menos densa que en su forma líquida, es decir, el hielo flota en el agua. Esta propiedad es única y permite, por ejemplo, que en el invierno la fauna acuática de un lago pueda sobrevivir, aunque se congele la superficie del lago.

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Es conveniente examinar con más detalle el aspecto subterráneo del ciclo, porque frecuentemente no es bien entendido. En condiciones normales, el agua superficial se infiltra y llena los poros que hay en el suelo y rocas de la corteza terrestre. Al área bajo tierra en la que todos los espacios entre las rocas y arenas están llenos de agua, se la conoce como zona de saturación; y al agua que está en estos poros se la denomina agua subterránea o freática . Parte del agua subterránea descarga finalmente en una vertiente, al fondo de un estero, río o lago, desde donde puede abastecer a los seres humanos. Otra parte puede llegar a una cuenca subterránea cerrada, donde la formación geológica no permite la salida, formando grandes depósitos subterráneos de agua dulce conocidos como acuíferos. El proceso de rellenar un acuífero con las precipitaciones naturales es lento porque el agua subterránea se mueve muy despacio por los huecos que hay entre las rocas.
Aguas subterráneas a poca profundidad pueden estar bajo tierra sólo por unas pocas horas, cuando recién han caído, mientras que a una profundidad moderada el agua subterránea puede estar cientos de años y a profundidades extremas, más de mil años. La infiltración natural del agua subterránea hace que generalmente ésta sea menos vulnerable que el agua superficial a la contaminación bacteriana, porque el suelo y la roca por los cuales ha pasado filtran muchas de las bacterias presentes en ella. Sin embargo, puede ser contaminada con bacterias y con una variedad de componentes tóxicos por contacto directo con pozos negros, aguas servidas y desechos industriales.
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